Гибель подводной лодки вызвала критику не только в адрес самого президента, но и в адрес вооруженных сил РФ. 12 августа 2000 на борту подлодки произошли взрывы, в результате которых погибло 118 человек. 23 человека выжили после взрыва и пробовали позвать на помощь. Спасателям не удалось вызволить матросов из затонувшей подлодки, и они погибли. Официальные источники далеко не сразу сообщили о катастрофе, при этом пытаясь скрыть настоящую причину гибели подлодки и подлинное положение дел. Спасательная операция началась лишь спустя сутки: 13 августа в 18.30. Долгое время командование ВМФ отказывалось от иностранной помощи, уверяя, что в состоянии справиться своими силами.
В дни трагедии Владимир Путин проводил отпуск в Сочи, где катался на водных лыжах и отдыхал вместе с журналистами «кремлевского пула», многие из которых впоследствии расценивали этот эпизод как «позорное пятно в собственной биографии». Отпуск президент прервал только через неделю после трагедии. Позднее ссылался на то, что он был недостаточно проинформирован о затонувшей подлодке. Спустя 5 дней после происшествия он заявил, что всё возможное для спасения матросов было предпринято. 22 августа Путин вылетел в Североморск, где встретился с родными и близкими погибших моряков, однако сообщил, что не может ответить на вопросы о том, что именно произошло с «Курском» и почему не смогли спасти подводников. После встречи с родственниками президент принял решение не участвовать в назначенной на следующий день траурной церемонии.
Министр обороны и главком ВМФ не были лишены Путиным своих должностей, несмотря на явный провал операции спасения. Однако от своих должностей были отстранены 15 адмиралов и офицеров Северного флота и ВМФ, в том числе командующий Северным флотом Вячеслав Попов.